好きなパッケージ紹介

Tokyo.R#112

2024-04-20

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なんかパスをいい感じにしてくれるやつ1

  • projectを基点にパスを出力してくれる(うれしい)
  • 存在しないパスでもOK
  • 存在するかどうかをチェックしたい場合はi_am()

reprex

reprex

なんか再現可能な例をだしてくれるやつ2

library(reprex)
reprex(rbinom(3, size = 10, prob = 0.5))
reprex({
  x <- 1:4
  y <- 2:5
  x + y
})
``` r
rbinom(3, size = 10, prob = 0.5)
#> [1] 6 4 4
```

<sup>Created on 2024-04-20 with [reprex v2.0.2](https://reprex.tidyverse.org)</sup>


``` r
x <- 1:4
y <- 2:5
x + y
#> [1] 3 5 7 9
```

<sup>Created on 2024-04-20 with [reprex v2.0.2](https://reprex.tidyverse.org)</sup>
  • 再現可能なサンプルコードを簡単に作れる
  • 実はクリップボードにコードをコピーした状態で、reprex()を実行するとRStudioのViewerペインに出力される
  • r-wakalangで質問するときに使うと答える側が喜ぶかも

tidylog

tidylog

なんかdplyrとtidyrをいい感じにしてくれるやつ3

  • 途中経過のログをいい感じに出してくれる(うれしい)
  • left_joinとかでバグらせたときに気付きやすい
  • パイプを増やすたびにデータを確認する手間が省ける!

gtsummary

gtsummary

なんか論文用の表をいい感じにしてくれるやつ4

library(gtsummary)
trial
# A tibble: 200 × 8
   trt      age marker stage grade response death ttdeath
   <chr>  <dbl>  <dbl> <fct> <fct>    <int> <int>   <dbl>
 1 Drug A    23  0.16  T1    II           0     0    24  
 2 Drug B     9  1.11  T2    I            1     0    24  
 3 Drug A    31  0.277 T1    II           0     0    24  
 4 Drug A    NA  2.07  T3    III          1     1    17.6
 5 Drug A    51  2.77  T4    III          1     1    16.4
 6 Drug B    39  0.613 T4    I            0     1    15.6
 7 Drug A    37  0.354 T1    II           0     0    24  
 8 Drug A    32  1.74  T1    I            0     1    18.4
 9 Drug A    31  0.144 T1    II           0     0    24  
10 Drug B    34  0.205 T3    I            0     1    10.5
# … with 190 more rows

gtsummary

なんか論文用の表をいい感じにしてくれるやつ

library(gtsummary)
tbl_summary(
  trial,
  include = c(age, grade, response),
  by = trt, # split table by group
  missing = "no" # don't list missing data separately
) |>
  add_n() |> # add column with total number of non-missing observations
  add_p() |> # test for a difference between groups
  modify_header(label = "**Variable**") |> # update the column header
  bold_labels()
Variable N Drug A, N = 981 Drug B, N = 1021 p-value2
Age 189 46 (37, 59) 48 (39, 56) 0.7
Grade 200 0.9
I 35 (36%) 33 (32%)
II 32 (33%) 36 (35%)
III 31 (32%) 33 (32%)
Tumor Response 193 28 (29%) 33 (34%) 0.5
1 Median (IQR); n (%)
2 Wilcoxon rank sum test; Pearson's Chi-squared test

furrr, pacman, conflicted, datapasta,…

Special thanks

Enjoy!💕

Footnotes

  1. here

  2. reprex

  3. tidylog

  4. gtsummary