好きなパッケージ紹介

Tokyo.R#112

2024-04-20

here

なんかパスをいい感じにしてくれるやつ¹

projectを基点にパスを出力してくれる（うれしい）
存在しないパスでもOK
存在するかどうかをチェックしたい場合はi_am()

reprex

なんか再現可能な例をだしてくれるやつ²

library(reprex)
reprex(rbinom(3, size = 10, prob = 0.5))
reprex({
  x <- 1:4
  y <- 2:5
  x + y
})

``` r
rbinom(3, size = 10, prob = 0.5)
#> [1] 6 4 4
```

<sup>Created on 2024-04-20 with [reprex v2.0.2](https://reprex.tidyverse.org)</sup>


``` r
x <- 1:4
y <- 2:5
x + y
#> [1] 3 5 7 9
```

<sup>Created on 2024-04-20 with [reprex v2.0.2](https://reprex.tidyverse.org)</sup>

再現可能なサンプルコードを簡単に作れる
実はクリップボードにコードをコピーした状態で、reprex()を実行するとRStudioのViewerペインに出力される
r-wakalangで質問するときに使うと答える側が喜ぶかも

tidylog

なんかdplyrとtidyrをいい感じにしてくれるやつ³

途中経過のログをいい感じに出してくれる（うれしい）
left_joinとかでバグらせたときに気付きやすい
パイプを増やすたびにデータを確認する手間が省ける！

gtsummary

なんか論文用の表をいい感じにしてくれるやつ⁴

library(gtsummary)
trial

# A tibble: 200 × 8
   trt      age marker stage grade response death ttdeath
   <chr>  <dbl>  <dbl> <fct> <fct>    <int> <int>   <dbl>
 1 Drug A    23  0.16  T1    II           0     0    24  
 2 Drug B     9  1.11  T2    I            1     0    24  
 3 Drug A    31  0.277 T1    II           0     0    24  
 4 Drug A    NA  2.07  T3    III          1     1    17.6
 5 Drug A    51  2.77  T4    III          1     1    16.4
 6 Drug B    39  0.613 T4    I            0     1    15.6
 7 Drug A    37  0.354 T1    II           0     0    24  
 8 Drug A    32  1.74  T1    I            0     1    18.4
 9 Drug A    31  0.144 T1    II           0     0    24  
10 Drug B    34  0.205 T3    I            0     1    10.5
# … with 190 more rows

gtsummary

なんか論文用の表をいい感じにしてくれるやつ

library(gtsummary)
tbl_summary(
  trial,
  include = c(age, grade, response),
  by = trt, # split table by group
  missing = "no" # don't list missing data separately
) |>
  add_n() |> # add column with total number of non-missing observations
  add_p() |> # test for a difference between groups
  modify_header(label = "**Variable**") |> # update the column header
  bold_labels()

Variable	N	Drug A, N = 98¹	Drug B, N = 102¹	p-value²
Age	189	46 (37, 59)	48 (39, 56)	0.7
Grade	200			0.9
I		35 (36%)	33 (32%)
II		32 (33%)	36 (35%)
III		31 (32%)	33 (32%)
Tumor Response	193	28 (29%)	33 (34%)	0.5
¹ Median (IQR); n (%)
² Wilcoxon rank sum test; Pearson's Chi-squared test

furrr, pacman, conflicted, datapasta,…

好きなパッケージ紹介

here

here

reprex

reprex

tidylog

tidylog

gtsummary

gtsummary

gtsummary

furrr, pacman, conflicted, datapasta,…

Special thanks

Enjoy!💕

Footnotes